В учебнике рассмотрены вопросы физической части математического моделирования. Приведены простые математические модели реальных явлений. Даны принципы построения физических и математических моделей. Проанализирована математическая модель нормальной квантовой ферми-жидкости. Рассмотрено несколько математических моделей биологических систем на основе изложенных ранее методов. Подробно проанализированы вопросы выбора языка описания, анализа иерархии масштабов времени, качества получаемых результатов в зависимости от сложности выбранной математической модели, роли натурного эксперимента при выборе языка и уровня описания, причин появления и роли парадоксов, возникающих при использовании математических моделей реальных систем.