Федеральные округа выступают федеральными образованиями, которые учреждаются и формируются федеральной властью. Но как структура они были созданы не федеральной исполнительной или судебной властью, а Президентом Российской Федерации.

Говоря о регулировании деятельности системы федеральных округов, следует определить, что  основную деятельность полномочных представителей Президента РФ в федеральных округах регулирует Указ Президента РФ от 13 мая 2000 года № 849 «О полномочном представителе Президента Российской Федерации в федеральном округе». Согласно данному Указу, необходимость образования института полномочных представителей Президента РФ в федеральных округах была вызвана «в целях обеспечения реализации Президентом Российской Федерации своих конституционных полномочий, повышения эффективности деятельности федеральных органов государственной власти и совершенствования системы контроля над исполнением их решений».

Образование системы федеральных округов, по большей части, оказалось результатом понимания и осмысления на государственном уровне определенных вопросов управления, неудовлетворенности положением законности в регионах России и незначительными показателями эффективности работы территориальных подразделений федеральных органов исполнительной власти.